L’ONATRA SA exploite, depuis 1898 le Chemins de fer Matadi-Kinshasa (CFMK) long de 366 kilomètres qui débouche sur ces trois terminaux (Terminal Conteneurs de Kinshasa (TCK), le Terminal Conteneurs et Grumes du Port de Kinshasa (TCPK) et le Terminal Conteneurs de Matadi (TCM). Actuellement, le trafic sur la ligne Directe Matadi-Kinshasa qui matérialise le trafic multimodal au niveau du port de Matadi et du port de Kinshasa (points de jonction) est suspendu à causes du mauvais état de la voie. L’ONATRA SA exploite également les chemins de fer interurbain sur trois axes :    Axe Kin Est-Aéroport de N’djili, long de 20,3Km (en réhabilitation après suspens suite à la destruction de la voie par des riverains inciviques) : Axe Kin Est-Kasangulu, long de 45Km (opérationnel jusqu’à Kimwenza de suite de l’emportement de la plateforme au PK -    Axe Lemba–Kintambo–Kinsuka, long de 27,5Km (en suspens, suite à la dépose du pont Flambeau, à l’empiètement généralisé de la voie de N’dolo à Kintambo ainsi que la voie déposée de Kintambo à Kinsuka). ) ; Outre l’état de la voie, l’exploitation des chemins de fer gérés par l’ONATRA SA se caractérisent par l’insuffisance et la vétusté des matériels ferroviaires, des engins et équipements ainsi que par le délabrement généralisé des infrastructures. Il est important que le gouvernement mobilise les moyens financiers pour le Financement de la construction du nouveau tracé de Chemins de Fer Matadi-Kinshasa (280Km) ;